Nội dung câu chuyện xoay quanh cô gái trẻ tên Heather Mason. Cô được sinh ra tại thị trấn Silent Hill, nhưng đã chuyển đi từ khi còn rất nhỏ và những ký ức của cô về nơi này rất mờ nhạt. Cô sống rất hạnh phúc cùng với người cha Harry Mason - nhân vật chính của phần đầu tiên trong một căn hộ chung cư trên thành phố, nên những gì đọng lại trong tâm trí cô về Silent Hill không còn quan trọng nữa. Nhưng dường như có điều gì đó không bình thường đang xảy ra ở đây. Từ khi tỉnh dậy tại khu trung tâm mua sắm, cô bắt gặp một tay thám tử tư tên Douglas Cartland luôn miệng kể lể gì đó về ngày sinh của cô.[12] Cảm thấy có điều gì không ổn, Heather cố lẩn tránh gã thám tử bằng cách chui vào nhà vệ sinh, rồi bất chợt cô phát hiện ra rằng toàn bộ khu trung tâm mua sắm trở nên hoang vắng một cách khó hiểu ngoại trừ sự xuất hiện của những con quái vật hung tợn với hình thù kì dị.

Tiếp đến, cô gặp phải một người đàn bà bí ẩn tên Claudia, kẻ hay nói bóng gió về số phận của Heather.[13] Bất chợt cô nhận mình đã rơi vào một thế giới ác mộng gọi là Otherworld giờ đây tràn ngập lũ quái vật dị hợm cùng khung cảnh hoang phế[14] mà mãi lúc sau mới chuyển đổi trở lại như cũ,[15] cũng chính tại đây cô lại bắt gặp Douglas và ông đã thú nhận rằng ông được Claudia thuê tìm kiếm Heather.[16] Heather rời khỏi trung tâm mua sắm và được chào đón bởi thế giới ác mộng một lần nữa khi đón tàu điện ngầm về nhà.[17] Vừa đặt chân về đến nhà chưa kịp hỏi thăm thì cô bàng hoàng nhận ra cha mình đã bị giết bởi một con quái vật theo lệnh của Claudia,[18] kèm theo một lá thư cho biết bà ta sẽ đợi cô ở thị trấn Silent Hill để tiết lộ thân phận thật sự của Heather[19] và rồi bỏ đi nhanh chóng.

Heather lòng đầy thù hận đã quyết định đi tới Silent Hill với ý định giết chết Claudia nhằm trả thù cho cha. Đúng lúc ấy cô lại gặp Douglas ngay tại nhà mình và chấp nhận lời đề nghị của ông chở cô tới đó.[20] Trên đường đi, Douglas giải thích rằng Vincent có để lại cho ông một lời nhắn, bảo họ cố tìm một người đàn ông tên là Leonard,[21] trong khi Heather lôi ra đọc quyển nhật ký còn lại của cha mình trước khi mất, vô tình tiết lộ rằng cô chính là cô bé Cheryl khi xưa được Harry Mason nhận nuôi vào lúc kết thúc của phần đầu tiên,[22] sau khi ông đánh bại vị chúa trời được hạ sinh bởi Alessa Gillespie.[23] Claudia tìm kiếm Heather nhằm mục đích hạ sinh vị chúa trời của giáo phái, vì chính bản thân Heather đang mang trong mình hình hài của Alessa sẽ được tái sinh.[24]

Ngay khi đặt chân đến Silent Hill, một thị trấn hoang vắng luôn bị sương mù bao phủ dày đặc. Việc đầu tiên mà Heather cần làm là kiểm tra Bệnh viện Brookhaven để kiếm Leonard nhằm tìm hiểu đầu đuôi sự việc.[25] Sau khi phát hiện ra rằng Leonard chính là cha ruột của Claudia,[26] người mà Heather gặp là Leonard bị biến dạng trong hình hài một con quái vật gớm ghiếc đã lao vào tấn công cô sau khi phát hiện cô không phải là thành viên của giáo phái;[27] sau một hồi chiến đấu cật lực Heather mới tiêu diệt được hắn. Cuối cùng cô đã gặp Vincent, người hướng dẫn cô đến một nhà thờ qua một công viên giải trí địa phương, đã thừa nhận là làm theo yêu cầu của Douglas.[28] Sau khi đến công viên giải trí, Heather được chuyển sang thế giới ác mộng Otherworld và tìm thấy Douglas đang bị thương ở đó.[29] Cô đến nhà thờ và đối mặt với Claudia khi bà ta vừa ra tay giết chết Vincent. Sau khi nuốt một chất gì đó bên trong mặt dây chuyền mà cha Heather đã giao nó lại cho cô,[30] đột nhiên Heather nôn ra vị chúa trời trong hình hài một thai nhi. Claudia chớp thời cơ vội nuốt bào thai và chết ngay lập tức sau khi hạ sinh vị chúa trời; tức thì Heather xông vào chiến đấu và sau cùng đã tiêu diệt được vị Chúa Trời yểu mệnh này.[31]

Có ba kết thúc xuất hiện trong trò chơi gồm Normal, Possessed và Revenge. Kết thúc đầu tiên "Normal" (thông thường) là kết thúc duy nhất ngay lần chơi đầu tiên của game chiếu cảnh cho thấy Heather và Douglas đã sống sót sau trận chiến.[32] Kết thúc thứ hai "Possessed" (ám ảnh) thì Douglas bị Heather giết chết. Kết thúc thứ ba "Revenge" (trả thù) chỉ là một cái kết đùa cợt bằng cách thực hiện một số hành động trong game, trong đó sẽ hiện lên cảnh Heather nói chuyện với Harry và những chiếc UFO đã cho nổ tung Silent Hill được vẽ theo kiểu hoạt họa.[33]